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根據(jù)全國疾病預防控制工作規(guī)范要求和我中心實際情況，我中心現(xiàn)設8個行政科室（中心辦、政工科、人保科、財務科、科教信息科、藥械科、物業(yè)項目辦、綜合治理辦公室），17個業(yè)務科室（傳染病控制科、計劃免疫科、性病艾滋病防制科、慢性非傳染性疾病控制科、結(jié)核病防治科、地方病防治科、衛(wèi)生監(jiān)測科、職業(yè)衛(wèi)生科、放射衛(wèi)生科、學校衛(wèi)生科、消毒與病媒生物防制科、微生物檢驗科、病毒科、理化檢驗科、質(zhì)量控制科、預防醫(yī)學診療服務門診、應急辦公室）。
　　 西安市疾病預防控制中心承擔著西安市傳染病、慢性非傳染病等疾病預防與控制，學校衛(wèi)生和學生常見病防治、消毒與病媒生物防制、食品、化妝品、生活飲用水、衛(wèi)生用品等與百姓健康密切相關(guān)的生活用品的衛(wèi)生檢測評價及毒理學測試，職業(yè)危害因素監(jiān)測和職業(yè)病防治，射線危害監(jiān)測和防護，建設項目預防性衛(wèi)生學評價等預防醫(yī)學領(lǐng)域各項工作以及國內(nèi)外重大活動的公共衛(wèi)生保障工作。 西安市疾病預防控制中心成立以來來，中心全體職工在中心領(lǐng)導的帶領(lǐng)下，不畏艱險、開拓進取、無私奉獻、恪盡職守、努力工作，使艾滋病、結(jié)核病、出血熱等重大傳染病防治工作取得了新的進展，非典、人禽流感長效防控機制進一步完善；為了實施中心的可持續(xù)性發(fā)展，實現(xiàn)“科教研一體發(fā)展戰(zhàn)略”，我中心先后和西安醫(yī)學院、西安市衛(wèi)校合作，成為“西安醫(yī)學院預防醫(yī)學教學基地”、“西安市衛(wèi)生學校檢驗教學基地”，被西安市衛(wèi)生局授予“公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學繼續(xù)教育基地”。中心注重內(nèi)涵，全面完成疾病預防控制體系的建設，先后通過了陜西省計量認證和中國實驗室認可委的國家實驗室認可，242項目通過認可，實驗結(jié)果得到國際互認，成為全省衛(wèi)生系統(tǒng)首家進行認可的單位。